بخش عمده کارمزدهای شبکه پرداخت به عهده بانک‌های پذیرنده و صادرکننده است ازاین‌رو یکی از مهم‌ترین چالش بانک‌ها، حفظ تعادل بین رسوب ناشی از جذب وجوه تراکنش‌ها و کارمزدهای پرداختی به شبکه پرداخت است.
کارمزد تراکنش‌های خرید به‌طور مستقیم بر عهده بانک‌های پذیرنده است و بانک‌های پذیرنده به‌غیراز هزینه کارمزدی که به ازای هر تراکنش پرداخت می‌کنند، مبلغی نیز به ازای اجاره‌بها و پشتیبانی هر دستگاه کارت‌خوان به شرکت‌های ارائه کننده خدمات پرداخت (PSP) می‌پردازند که هزینه پرداختی هر بانک به ازای هر 10 هزار تومان تراکنش خرید را افزایش می‌دهد.